- Cromatografía de reparto. La fase estacionaria suele ser mantenida fija mediante un soporte inerte poroso (papel o celulosa). La fase móvil suele ser una mezcla de disolventes medianamente miscibles con el agua. Cuanto más soluble en agua sea la sustancia a cromatografiar, más retenida y retrasada quedará en el desarrollo cromatográfico.
- Cromatografía de adsorción. La fase estacionaria retiene con más o menos poder a la sustancias a cromatografiar por un fenómeno de adsorción en superficie. Para ello se utiliza alúmina, gel de sílice, etc. La cromatografía de afinidad es un tipo de cromatografía de adsorción en la que la fase estacionaria tiene afinidad biológica por la sustancia que se quiere separar. Se utilizan así parejas antígeno-anticuerpo, enzima-inhibidor, etc. En la cromatografía de intercambio iónico, la fase estacionaria retiene a las sustancias por su carga iónica. Las sustancias con carga opuesta a la de la resina quedarán retenidas en la fase estacionaria, mientras que las de la misma carga que la resina serán arrastradas por la fase móvil. Las sustancias que quedan unidas a la resina pueden eluirse cambiando las condiciones de la fase móvil (variando el pH, la fuerza iónica, etc.). Este tipo de cromatografía se hace sólo en columna y los soportes utilizados son polímeros tales como celulosa o poliestireno carboxilados o poliaminados, etc.
De acuerdo con el soporte físico sobre el que se realiza la separación, se puede hablar de dos tipos de cromatografía:
- Cromatografía en capa fina: la fase estacionaria se extiende sobre una placa.
- Cromatografía en columna: la fase estacionaria se empaqueta en una columna.