Análisis mediante electroforesis en geles de agarosa :
La mayoría de los ADNs no pueden penetrar en un gel de poliacrilamida débilmente entrecruzada. Esta dificultad se supera en parte mediante el uso de geles de agarosa, que hace que los ADNs puedan fraccionarse en varios tamaños relativamente grandes.
El aparato que se utiliza en la electroforesis en gel de campo pulsado (método que separa los ADNs muy grandes) posee dos o más pares de electrodos colocados a lo largo del perímetro de un gel horizontal de agarosa. Los distintos pares de electrodos son activados secuencialmente durante tiempos (que varían entre 0,1 y 1000 segundos) dependiendo de los tamaños de ADNs que se separan. Este procedimiento requiere que las moléculas alargadas avancen a través de los canales del gel, en la dirección que va desde el cátodo hacia el ánodo.
Si la dirección del campo eléctrico cambia de forma brusca las moléculas alargadas tendrán que reorientar sus ejes mayores hacia la nueva dirección antes de seguir avanzando en el gel. Esto llevará más tiempo cuanto más grandes sean las moléculas incrustadas en el gel, por lo tanto si elegimos bien la distribución de los electrodos y la longitud de los pulsos permitirá que los ADNs más cortos migren a través del gel más rápidamente que los más largos, produciéndose así su separación.
