El objetivo de un proceso de aislamiento y purificación de DNA es conseguir separar esta molécula del resto de las macromoléculas (proteínas, lípidos y polisacáridos) presentes en el interior de las células.
El DNA (ácido desoxirribonucleico, ADN) se extrae de las células mediante rotura de las mismas por homogeneización en presencia de un detergente (SDS, dodecil sulfato sódico, lauril sulfato sódico) y gracias a la elevada fuerza iónica del medio (NaCl 0,15 M). Las proteínas son desnaturalizadas por adición de cloroformo al sobrenadante de la lisis celular, de manera que la presencia de este disolvente altamente hidrofóbico induce a la exposición hacia el exterior de las cadenas laterales de los aminoácidos apolares, las cuales se encuentran habitualmente enterradas en el interior de la proteína. Tras acelerar la separación de la fase acuosa y del cloroformo por centrifugación, las proteínas tienden a localizarse en la interfase del sistema cloroformo-agua, lo que hace disminuir fuertemente el contenido de proteínas de la fase acuosa que contiene el DNA. Los lípidos quedan disueltos en la fase clorofórmica. El DNA contenido en la fase acuosa se precipita entonces por adición de etanol.
Cuantificación y grado de pureza del DNA
Los ácidos nucleicos presentan un máximo de absorción a 260 nm, mientras que las proteínas (principales posibles contaminantes en la preparación) tienen el máximo de absorción a 280 nm. Por ello, la medida de la absorbancia a ambas longitudes de onda permite saber el grado de pureza de la preparación de DNA mientras que la A260 permite calcular la cantidad de DNA obtenida. Una preparación pura de DNA tiene un coeficiente de extinción ε260 de 0,027 ml /µg x cm, y una relación A260 / A280 de 1,6 a 1,8.
